巧克力囊肿的最佳治疗时间就是当下，发现的第一时间就要治。建议月经干净后3-7天内做腹腔镜手术治疗，这样就可以控制疾病，避免影响身体健康。
如果是有生育要求的巧囊患者，建议患者术后尽快怀孕，因为手术能够预防巧囊在术后出现复发的问题。 如果没有生育需求，可以考虑术后给予GnRHa治疗，如亮丙瑞林、达菲林等药物，预防复发。
不同的病情，使用的药物也是有差别的，对于巧克力囊肿的治疗一般是以下几种药物：
第一、正在疼痛、痛经的时候，这个时候主要是对症处理痛经就可以，常用的药物有芬必得、布洛芬，或者是一些中成药，比如散结镇痛胶囊、通迪胶囊，或者丹莪妇康煎膏等等，这样可以缓解痛经的症状。
第二、激素类的，常用的有口服的短效避孕药，比如妈富隆、优思明、优思悦。
第三、孕激素类，比方地诺孕素，或者孕激素拮抗剂，比如米非司酮，这个可以通过抑制排卵来缓解痛经的症状。当然还有一类药物，比方说丹那唑这些合成的药物，也可能起到缓解巧克力囊肿痛经的作用。
这些主要是对于轻度的、有生育要求的人，一旦巧克力囊肿发展到比较严重，引起盆腔粘连，很严重的时候可能就需要进行手术治疗。
巧克力囊肿复发率一直是被大家提及，而且被医生所苦恼的。巧克力囊肿的复发率在20%以上，复发的概率是比较高的，如果巧克力囊肿的患者在做完手术以后没有给予长期的干预和护理，很大的概率会导致复发。
引起巧克力囊肿疾病的原因是具有活性的子宫内膜细胞种植在了卵巢，做了手术以后也很难把具有活性的子宫内膜全部去除掉，只要卵巢还有功能，就一定会存在复发的可能。做完手术以后一定要做好护理工作，防止出现感染。术后不能太早恢复性生活，而且如果黏连严重，临床医生在做完手术后会建议患者给予亮丙瑞林和达菲林等药物治疗3到6个月，月经第一天皮下注射每月一次，来抑制巧克力囊肿的复发。
