引起男性患有附睾炎的病原体(如大肠杆菌)可直接对附睾管中的精子造成直接的损害，抑制精子的活动度或是使得精子发生凝集，以降低其活动的能力;有的病原体则吸附于精子表面，使其活动力降低甚至丧失。
由淋球菌、结核杆菌等病原体感染引起的附睾炎，若是久治不愈，不仅会发生炎症反应而损害精子，而且极易引起附睾管腔的缩小或堵塞，导致近附睾端不完全性或完全性输精管梗阻。
附睾炎患者经常会出现一些不良的现象，全身无力，精神比较疲惫，如果长时间不去治疗的话会给男性带来更大的危害和麻烦，如精损肾亏、元气耗损，甚至提前衰老。
附睾炎如果长期不治疗会诱发各种严重疾病，如精索静脉曲张、前列腺炎、内分泌疾病、肾炎等肾脏疾病、泌尿感染疾病，严重时可导致恶性肿瘤，严重威胁生命。
