在宝宝照射蓝光后，最常见的副作用就是发热。由于治疗箱中的温度比较高，而宝宝的身体温度又很容易受环境的影响，所以就会使宝宝发热。如果孩子有发热症状，就应该暂时停止照射，及时给给宝宝降温，等到孩子的体温降下来之后再进行治疗。
进行了照射蓝光以后，很多宝宝都有腹泻的情况。孩子的大便稀薄，会呈现出绿色，每天会排4~5次大便。这时候父母要给孩子补充一些水分。宝宝腹泻的情况一般在光疗结束后，很快就能够好转。
由于婴儿的皮肤很敏感，有部分婴儿在光照后，皮肤上会出现红色皮疹或者是淤点，一般都是出现在面部、躯干以及四肢。这时候就应该缩短光照时间，应该等皮疹减轻后再继续照射。在光疗结束以后，皮疹便会慢慢消失，不会留下任何痕迹。
