可以使用酒精、生理盐水、硼酸液、新洁尔灭液、氯霉素眼药水等中的一种，以消毒棉棍或棉球蘸上述药液后，轻柔擦拭患处，祛除脓性分泌物。如果脐带残端尚未脱落，可一并清洁。
根椐医嘱在清洁脐部后，局部使用氧化锌油或氯霉素氧化锌油、脐带粉(含有依沙吖淀又名雷夫奴尔、氧化锌)。
为减少患处红肿或促进化脓可分别使用喜疗妥、鱼石脂软膏、如意金黄散(中药)等外涂或外敷，适用于脐炎合并腹壁感染者。注意外敷药物时间勿过长，一般不超过6小时。
凡形成脓肿者应积极引流脓液，脓量多或者脓稠需要切开引流，並坚持换药(更换引流条，保持引流通畅，促进脓腔愈合)。肝脓肿和镰状韧带处脓肿的引流手术需要住院后实施。
烧灼
形成脐肉芽者可通过药物硝酸银或激光烧灼去除。
使用抗生素，由于引起脐炎的化脓菌大多是耐药的金黄色葡萄球菌或表皮葡萄球菌，所以一般的抗生素如青霉素、红霉素等效果不好，最好能在脓性分泌物培养基础上新生儿脐炎治疗。
治疗新生儿脐炎主要是用外敷的药物，由于新生儿皮肤稚嫩，暂时还不能够接受刺激性太强的药物，尤其对于肚脐那么敏感的部位，在用药之前建议先将药涂擦在宝宝的受伤，观察下是否能够适应，如果没有什么异常的情况便可以了。
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