克罗恩病的最常见症状如下
痉挛性腹痛
慢性腹泻(如果大肠严重受累，有时会发生血性腹泻)
发热
食欲不振
体重减轻
克罗恩病的症状可能持续数天或数周，也可能自行消退。首次发作后即完全缓解并再不复发的情况很罕见。克罗恩病几乎总是在患者的整个生命中不定期发作。发作可能是轻度或严重的，短暂或长期的。严重发作可能导致强烈腹痛、脱水和消化道出血。
目前仍未弄清楚为什么克罗恩病病情会时好时坏、什么原因使其发作或哪些因素与病情严重程度有关。每次炎症复发一般仍在肠道原来的病变部位，但在手术切除病变肠段后，病变可扩散到相邻区域。
在儿童中，胃肠道症状如腹痛、腹泻可能不是主要症状，甚至不出现这些症状。相反，其主要症状可能是生长发育缓慢、关节炎、发热或因贫血导致的虚弱和疲劳。
克罗恩病的非肠道并发症也可能会发生。少数情况下，原发性硬化性胆管炎所带来的肝脏排液管(胆管)的炎症或梗阻会导致肝炎或黄疸。手背或手掌的皮肤可能会出现红疹(结节性红斑)。在一些极其严重的病例中，上述情况可能会变成阴部溃烂，通常出现在大腿的胫部。这通常可以显示肠道克罗恩病的治疗不当。
眼内炎症称为葡萄膜炎，可能导致眼睛疼痛，尤其在眼睛接触阳光的时候(畏光症)。眼白部分出现炎症以至变红也可能会发生，并且形成称为表层巩膜炎的疾病。
一处或多处的身体关节也可能会出现炎症(关节炎)。通常关节炎会影响较大的关节部位，如膝盖或肩膀，或者可能只局限于手或脚部位的小关节。关节炎也可能会影响整个脊椎(强直性脊柱炎)或者只是影响较下方的脊椎(骶髂关节炎)。关节炎的症状包括关节疼痛，炙热感，肿胀，并且僵硬，以及关节移动或功能的缺失。这种类型的关节炎据说是“血清阴性”，因为这些疾病通常不包含在风湿性关节炎血液测试中所能发现的类风湿因数。
克罗恩病的并发症包括
肠道阻塞(梗阻)
肠穿孔(破裂)
腹腔脓肿(化脓性感染)
瘘管(肠道和皮肤或其他器官之间的异常连接通道)
肛裂(肛门皮肤撕裂)和肛门脓肿
结肠癌(大肠癌)
中毒性巨结肠是克罗恩病影响大肠(结肠)时可能发生的一种罕见并发症。大肠停止正常的收缩和扩张，有时导致腹膜炎。患者可能需要手术。
因慢性炎症造成的瘢痕可导致肠梗阻。穿透肠壁的深层溃疡可形成脓肿、开口瘘管或穿孔。瘘管可连接肠道的两个不同部位。瘘管也可穿通肠与膀胱或者肠与皮肤表面，尤其是肛周皮肤。尽管小肠间的瘘管很常见，但很少出现肠穿孔。肛门皮肤撕裂很常见。
当大肠因克罗恩病广泛受累时，通常会出现直肠出血。罹患克罗恩结肠炎多年后，患者发生结肠癌(大肠癌)的危险增加。约1/3的克罗恩病患者有肛门周围病变，尤其是肛瘘和肛裂。
克罗恩病还可致身体其他部位的并发症。这些并发症包括
胆结石
营养素吸收不足(吸收不良)
泌尿道感染
肾结石
淀粉样蛋白沉积在若干器官中(淀粉样变性)
当克罗恩病引起胃肠道症状发作时，患者也可能出现以下状况：
关节炎
眼白炎症(浅层巩膜炎)
口腔溃疡(口疮性口炎)
手臂和腿部出现炎性皮肤结节(结节性红斑)
即使克罗恩病没有引起胃肠道症状发作，患者仍然可能有如下完全与肠道无关的疾病：
嵴柱炎症(强直性嵴柱炎)
骨盆关节炎症(骶髂关节炎)
眼内炎症(葡萄膜炎)
胆管炎症(塬发性硬化性胆管炎)
可能含有脓液的紫色皮肤暗疮(坏疽性脓皮病)
