对于免疫功能不好者来说若服用益生菌可能有坏处，曾有早产儿因服用过多益生菌，导致小肠细菌过度生长。因正常人的小肠细菌相对较少，大部分细菌都在大肠，若小肠细菌过度生长，可能会造成恶心、呕吐、腹胀、腹泻、营养吸收不良等问题，严重的话还会造成意识状态改变而有生命危险。
一般来说，食用益生菌都很安全，但都有极小部分人，有机会在食用益生菌后，有轻微的副作用，例如腹胀、腹绞痛、腹泻或者肠胃不适的情况。」如果你属于这类人，或者本身就有免疫系统毛病，应在服用益生菌前先谘询营养师或者医生的意见。
1. 叁餐在外
都市人大多在外用餐，饮食缺乏膳食纤维，容易便秘。而益生菌说可以帮助平衡肠道内好同坏的细菌的比例，促进肠道健康及预防便秘。
2. 肠道容易不适
如果本身容易腹泻、便秘或患有肠易激综合症，服用益生菌亦会有帮助。
3. 长期服食抗生素
因为抗生素会杀死细菌，同时连肠道或阴道内的细菌都会被抗生素杀死。所以服用抗生素也会令人体及肠道内的好坏细菌比例失衡。Nicole建议，在完成抗生素疗程后，可以补充益生菌，以维持肠道健康。
为了保持益生菌的活性，如要食用补充剂，应留意以下事项。
1. 应在餐前服用
2. 切勿与热的食物一同食用
3. 避免使用热水送服。
另外，如想达致最佳效果，应同时食用含有丰富益生元的食物(如香蕉、大蒜、洋葱、燕麦、芦荀或者西兰花)。
