婴儿接种甲肝疫苗会因为个人体质发生不同程度的不良反应，会有少数婴儿不会发生不良反应，也会有少数婴儿不良反应比较严重。其中主要包括引起注射部位的红肿、疼痛，患儿也可以出现发热、头痛、乏力、恶心、周身不适等全身反应。这种反应多数与疫苗所含的蛋白质抗原，或者微生物本身的毒性有关，一般不需要治疗，1-2天可恢复正常。
由于疫苗属于生物制剂，宝宝由于免疫功能不全，接种后也可以引起较严重的异常反应，最常见的有过敏性休克。因此，为防止过敏性休克，建议注射前要做皮内试验，同时准备好抢救药品。
打完疫苗后，家长可以多给宝宝喝水，适当吃一些水果补充体力。如果出现了发热症状，家长可以通过物理降温帮助退烧，如果引起了肠胃不适，注意吃一些清淡好消化的食物。等过两三天，这些不良反应就会消失。
一般婴儿接种完甲肝疫苗后要在医院停留三十分钟，预防出现严重的不良反应。
不过主要看宝宝个人体质，有些宝宝不会有太大反应，有些宝宝打完几小时后就会出现肠胃不适、发热、手臂接种处红肿的症状;有些宝宝反应慢一些可能要一天到两天之后才会出现上列反应。
家长不必担心，宝宝这些不良反应一到两天后就会消失。
