1、尽量选择乳酸菌饮料或是益生菌冲剂，这样益生菌的纯度和种类要丰富一些，吸收情况也更好。这样要比一般的益生菌或是乳酸菌酸奶效果要好一些。
2、感冒发烧吃抗生素药物的同时，不能与益生菌一起吃。抗生素抗的就是菌种，不论是益生菌还是有害病菌通通都一样，如果一起吃会大大降低益生菌的存活率，从而降低其实用效果，可以说益生菌成分都被抗生素清除掉，等于是白吃了。3、吃益生菌也要适可而止，益生菌本身就是一种调理肠胃的辅助品，不建议长期服用。如果长期吃很容易引起宝宝自身肠胃的惰性，换句话说，就是宝宝会依赖益生菌，而自己的肠胃偷懒，不愿意工作了。肠胃无法自己改善消化能力，而且还会频繁改变肠胃菌种，影响肠胃发育和免疫力。
不论是什么类型的益生菌最好都在饭后。
益生菌之所以能够促进宝宝肠胃消化、达到通便润肠的效果，主要是因为其中含有大量益生菌成分，而且还能产生大量的消化酶。而消化酶属于蛋白质，并没有很久的维持效果，也是会被胃酸侵蚀消化的。所以益生菌最好还是在饭后吃，宝宝吃过饭以后，胃酸浓度和分泌量会降低，一部分胃酸用于消耗消化食物，对益生菌的破坏就小很多，这样益生菌的营养成分也就被保留的更好，从而提升使了用效果。
1.益生菌怕杀菌消毒制剂
益生菌不宜和具有杀菌消毒活性的制剂同时服用，不能与抗菌药物合用。因为益生菌中的活菌容易被抗菌药物杀死，完全起不了效果。如果病情需要同时服用抗菌药物和益生菌，建议两药服用时间间隔2小时以上。
2.益生菌怕酒精。
酒精是一种常用的杀菌消毒剂，酊剂中的酒精含量较高，也不宜和益生菌同时服用。酊剂指的是把生药浸在酒精里或把化学药物溶解在酒精里而成的药剂，如颠茄酊、橙皮酊、碘酊等。
3.益生菌怕热。
作为活菌且又在人体内存活，益生菌的最佳生长温度和人类肠道正常温度相近，大约是37℃。因此益生菌制剂最好保存在阴凉干燥处，有些药物甚至需要冷藏。同时，送服或者冲兑益生菌制剂的水温，最好不要超过40℃，不然益生菌就被烫死了。
4.益生菌怕被抑制吸附。
如果患者有胃炎或者腹泻的情况，医生很有可能会开具胶体果胶铋、鞣酸制剂、药用炭或者蒙脱石散等药物，但这些药物会对细菌的生长有抑制作用，或者会吸附细菌，然后直接带出体外，可影响益生菌制剂发挥疗效。因此，以上药物也不能和益生菌同时服用，应间隔服用。
