猴头菇的根具有一些苦味，若是在烹饪时没将其去除干净，就可能导致其烹饪的菜品带有苦味。尤其是干的猴头菇，其在制过程中为了保证其营养成分的不过多流失，往往会保留其根，很多人烹饪时就会忘记去根。
猴头菇对生长环境要求较高，若在生长期长时间的下雨，猴头菇的子实体就会变红，这样的烹饪的菜品就会带有苦味，并且这种苦味不能清除，只能做到轻微的减少。
另外，以松树木屑为原料生长的猴头菇，味道也会相对苦些。
猴头发苦跟品种也有关系，比如长白山小刺猴头极苦，但恰恰苦味成分药效极高，是著名中成药“胃乐新”的主要原料。
猴头菇保存不当损坏变质了，也可能会导致其菜品发苦，这样的猴头菇同时还带有毒性成分，不适合食用，应扔掉。
1、用清水先将猴头菇表面的赃物洗净，除去根蒂(苦味的根源之一)放入盆内，加入30°-40°的温水(用淘米水更好)浸泡3.5-4小时，直至用手捏猴头菇无硬疙瘩时即可。
2、将泡发的猴头菇捞出，用手挤出猴头菇的黄水，然后，再放一盆清水泡发15分钟左右，再挤出黄水，如此反复2-3次即可(可以用手指轻轻蘸一点猴头菇表面的水放在舌尖，感觉不出苦涩为好);
3、将蒸笼烧开，放入猴头菇大火10分钟，再小火蒸1个半小时，也可先放入沸水加盖煮10分钟，再用小火慢慢焖煮1个半小时，直至将猴头菇软烂为止。
