一般来说，菌血症的症状，除非患者处于持续性或高水平菌血症的危险性，短暂而低水平的菌血症是无症状的。典型的表现为全身感染的体征，比如说呼吸急促、寒颤、体温上升和胃肠道症状。隐性菌血症一般在疾病初期，病人的皮肤往往温暖而警觉性减退。若不测量血压则往往不会发现低血压，隐性菌血症患者低血压出现较晚。
隐性菌血症是发热的孩子血流中存在活的病原菌，一般是指外界的细菌经由体表的入口或者感染口进入血液的系统后，在人体血液内大量繁殖，并随着血流在全身播散，而孩子无明显感染灶，看上去一般情况良好，可以在门诊处理的一种疾病。在1个月～2岁的婴幼儿中，有4%的发热是由隐性菌血症引起的。在隐性菌血症中，超过75%的病例是由肺炎球菌引起的。常规的检验如白细胞计数，可以协助诊断是否有细菌感染。
出现菌血症的患者往往发生急性的多个器官的转移性感染，并出现各种急性感染症状。是否严重主要看病情的变化，本病常见的并发症有：继发性脓胸、化脓性心包炎、腹膜炎、脑膜炎、急性心内膜炎。
