疱疹性咽峡炎从潜伏期开始就具有传染性，所以从发现感染疱疹性咽峡炎开始一直到疱疹性咽峡炎恢复都需要采取隔离措施。
一般建议疱疹性咽峡炎隔离1-2周更好。但，每个患儿的体质有所差别，具体隔离时间，还要根据自身病情而定。
疱疹性咽峡炎主要分为三个阶段，潜伏期、前驱期、发病期，一般来说潜伏期不会又任何症状表现，前驱期时可能出现发热、厌食、嗓子发红等症状；
所以当患儿出现上述症状时，一定要引起重视，尽早确定是否属于疱疹性咽峡炎，尽快采取隔离措施。
由于疱疹性咽峡炎是传染性疾病，以粪-口或呼吸道为主要传播途径，感染性较强，传播快，呈散发或流行，所以在小儿患上疱疹性咽峡炎时，必须采取隔离的措施，避免交叉感染。
隔离时间：
1、疱疹性咽峡炎一般要隔离2周。
2、由于个人恢复情况的不一，也避免小儿再度复发，建议小儿病情恢复后再隔离3—5天，再去上幼儿园。
疱疹性咽峡炎时采取的隔离措施是指发病时，尽可能使患儿不要去人多密集的场所，更不要去托儿所、幼儿园，尽可能在家休息即可。
