CT：对于急性出血、骨骼钙化显示清晰，诊断病变内的骨化、钙化和骨骼畸形有较大优势，价格相对低廉。CT最适于胸部扫描，对胸腔、肺、心腔内的肿块、出血等易于查出。若病变太小，尤其小于3毫米的病变，CT则难以查出。
核磁共振：对神经系统、头部、颈椎、胸椎、腰椎、四肢等部位的检查独具优势，最大优点是不仅能显示病变组织，还能反映活体组织功能和代谢过程中的生理生化信息。
CT：而对于像肺、胃肠这样含气的器官，或者想了解冠状动脉的情况，CT检查是首选。对于脑出血性疾病，要尽快做CT检查，以明确诊断。虽然磁共振检查对脑出血性病变也能确诊，但检查时间相对较长。
核磁共振：对于软组织病变、肿瘤等，磁共振检查的分辨率高于CT。所以，一般神经系统(包括脑、脊髓)、腹部实质性脏器(如肝脏、胰腺、肾脏等)、乳腺、身体各部位的关节以及全身的软组织等，磁共振检查有优势。
注意：
若怀疑是急性脑梗死，就要马上做磁共振。因为在急性脑梗死发生的12小时之内，CT难以发现病变，而磁共振在发病30分钟左右就能确定病变部位。
磁共振检查检查过程需要20-30分钟。
磁共振检查是目前世界上最为先进的磁共振之一，已投入临床使用。。查头部核磁共振是必要的，需要注意排除颅内的占位性病变，核磁共振虽然也有射线，但相对CT要小一些，基本对身体没什么大碍，检查过程需要20-30分钟。
核磁共振取片子时间的长短，要看在那个医院做这个检查。
其实核磁出结果是比较快的，现在也都是数字的，在你做完核磁后几分钟内其实你的片子就已经可以打印出来了，病人不多的情况下报告也会很快出来，即使病人多，那报告也会在两三个小时内出来。有的医院的效率高，当天就能拿结果，有的效率低可能需要第二天拿到结果。
做磁共振检查的注意事项
1、装有心脏起搏器或心脏支架、血管支架、心脏搭桥、神经刺激器的患者不能做MRI。
2、颅内有银夹、眼球内金属异物者禁止做该检查。
3、曾做过动脉病手术(动脉瘤术后)、心脏手术并带有人工心瓣膜者不能做MRI。
4、装有胰岛素泵的患者不能做。
5、检查部位有金属物(体内或颅内有钢板、钢钉、铁钉)，要主动向检查医师事先说明情况。
6、女性要把带金属内衣钩的胸衣取下，而怀孕妇女慎做MRI。
7、检查前，要将随身的金属物品如硬币、眼镜、钢笔及各种磁卡取出，以免影响检查。
1、各部位增强扫描及腹部平扫患者，检查前，至少禁食4小时;
2、行腹部检查之患者，检查前1周内，不得作钡餐检查;
3、请带全已作过的检查结果备用，如X光片、同位素、超声波、肝功能、甲胎等，以及曾作过的任何CT片及报告等;
4、增强检查患者必须行碘过敏实验，呈阴性者方可进行。行碘过敏实验前，必须全面了解CT增强检查须知，并经本人和家属签字后，作碘过敏实验(CT增强检查须知，附后)。
