目前对扁桃体结石的成因尚无定论，主流说法是煺化或坏死组织钙化堆积而成，也有部分学者认为它是类似小唾液腺体阻塞所引发的结石，或是细菌、霉菌及其分泌物的混合体等。
充水分：口腔太乾燥时，扁桃体凹槽容易残留异物，喝水能协助清除口腔内细菌，以及改善口腔内的异味。
口腔清洁：口腔卫生不良与扁桃体结石有密切关係，培养良好的漱口习惯，可以改善症状。
治疗上一般先考虑保守的方式，如果症状不严重，可以透过改变口腔清洁习惯，多漱口，或请专科医师定期局部清除;如果已经造成扁桃体反覆肿胀发炎，甚至扁桃体出现化脓，可以考虑摘除该侧扁桃体。
部分医学报告提出，5岁后扁桃体的免疫功能逐渐被其他器官替代，如果病人长期受扁桃体发炎所苦，可以考虑切除扁桃体。不过人体器官每个人表现差异大，不是每个人的扁桃体在5岁之后都没有功用，必须与医师讨论出最佳治疗方式。
