糙米属于高纤食物，会增加肠胃消化的负担，因此患有消化道溃疡、肠激躁症或肠阻塞等消化道疾病的民众，应减少摄取，以免造成腹泻、胀气或消化不良。
糙米外皮含有植酸或有机化学物质，会与矿物质结合而沈淀，影响人体吸收铁、钙、镁等。故贫血缺钙不宜。但可在洗米后以摄氏40-60度温水浸泡至少30分鐘，就可将大部分的植酸分解，以避免影响吸收。
肾病患者饮食需限制磷的摄取量，但糙米中的磷含量比白米高，容易影响肾臟代谢，加重肾脏病症。
糙米饭的口感比白米硬，不利于老人咀嚼，且若平时水喝太少，还会有便秘的情况发生，建议烹煮操米饭时可多加一点水，煮成口感较柔软的糙米饭或糙米粥，以利进食。
