如果是炖汤肉豆蔻可以整个放进去，如果是卤制食品或者红烧类的建议打碎后再放入，将打碎的肉蔻用油炸一下即可去除药味又能增加香味。
不过需要注意的是肉蔻具有一定的麻醉作用，人服肉豆蔻粉7.5克可引起眩晕，甚至谵语、昏睡，大量可致死亡，因此在使用肉蔻的时候一定要把握好用量。
1、在中餐烹饪中常将其与其他香辛料混合用于煮、卤、烧、烫等菜式当中。肉豆蔻可直接用于制卤水，也可去脂后加工成粉末使用。
2、西餐烹饪中，肉豆蔻粉被广泛用于清汤、少司、牛羊肉、鱼类、蔬菜、香肠、肉馅等菜肴的增香;亦可制作水果布丁、巧克力、饼干、面包、蛋糕、冰淇淋等糕点、甜品，甚至可作为某些种类的鸡尾酒的常用赋味料，同时还是配制咖喱粉不可缺少的配料。
