肉豆蔻具有对抗高脂血症、高血糖、心脏组织损伤、肝毒性等作用。虽然大多数证实这些事实的研究都是在老鼠身上进行的，但专家观察到有效的肝脏保护。
此外，由于其单萜烯含量，还可以预防心脏病。这些化合物具有抗凝血特性，可防止血栓形成等问题。
儘管证据仍然有限，专家认为肉豆蔻具有保护肝脏的特性。
肉豆蔻的其他好处是具有消炎和止痛的特性;可以帮助缓解关节肿胀和对抗慢性发炎引起的疼痛。专家在老鼠身上进行了相关研究，因此需要进行进一步的研究来分析对人体的影响。
然而，其消炎特性得到了证实。
肉豆蔻所含挥发油对胃肠道有刺激作用，少量能够促进胃液的分泌和刺激肠胃蠕动，可以起到开胃消食的作用，常用于肠滑不固，积食不化、宿食不消等症状。
肉豆蔻中含有多种挥发油，所含的甲基异丁香酚有抑制中枢神经的作用，从而起到镇静催眠的效果。
肉豆蔻性味辛、温，具有温中行气、健脾的功效，可用于肠胃虚寒气滞，脾胃虚寒。
肉豆蔻归经脾、胃、大肠经，有涩肠止泻之效，常用作收涩药使用，用于治疗虚泻、冷痢、脘腹胀痛、食少呕吐、久泻不止、固肠。
