南瓜子中的铁元素含量非常丰富，尤其适宜素食主义者补铁，常吃南瓜子有助于补铁和防止缺铁性贫血。
南瓜子平时多作为食材食用，在中药里南瓜子主要被用来杀虫，配以槟榔汁等对绦虫、蛔虫、血吸虫、丝虫等多种体内虫有很好的灭杀效果，一般在食用两小时后就能通过大便排除完整虫。
南瓜子中含有很高的抗氧化剂和植物化学物质，调节免疫系统，以减少病毒的感染，如感冒、 流感、 疲劳和其他疾病的可能性。
南瓜子中富含色氨酸，而色氨酸是合成催眠成分5-羟色胺的必需成分，所以常吃南瓜子可以促进睡眠。
保护神经元
南瓜子是神经系统维持正常功能所必需的营养成分，有助于产生伽玛氨基丁酸，在大脑出现生气、紧张或处于其他不利状态时，提高大脑的应激能力。
南瓜子富含不饱和脂肪酸、纤维、抗氧化成分，对心脏有益。其中单一不饱和脂肪酸有助于减低坏胆固醇含量，提升有益胆固醇含量；南瓜子有助于防止冠状动脉疾病，提升血脂健康。目前在南瓜种子中的镁已经应用于帮助防止心脏骤停、 中风和心脏病发作，它对血压水平也有调节作用。
孩子吃南瓜子时，大人要一旁监督，避免发生不必要的意外。加工过的南瓜子不宜给孩子多吃，因为盐分太高，热量也很高。吃多了容易上火。
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