适于单发的指甲，局麻下，将患甲拔除。这种方法创面大，出血，易引起感染。手术后一般会感觉较疼痛，容易重新感染复发，临床现已较少使用。心脏病、高血压、糖尿病等患者，不宜手术治疗。
内服药物
适于多个指(趾)甲。如每日口服特比萘芬片250mg，连服6～12周;伊曲康唑400mg/天，连服7天、休息21天为一疗程，持续3～6个疗程;每周1～2次服氟康唑150mg，连续4月以上。可治愈80%以上的甲癣及甲真菌病。但因为这类药必须达到真菌所寄生的甲板处才能发挥抗菌作用，用药量大，用药时间长，应定期监测药物不良反应。
外用疗法
外用疗法：一般宜选外用疗法治疗灰指甲，根据药剂不同，主要有浸泡、局部涂药和封包削治等方法。治疗时需配合去除病甲，故一般没有内服法方便，但却安全、无痛苦、无副作用。只要药剂选用得当，效果较理想。用纯中药药浴疗法(外用)治疗灰指甲(手、足癣)主要成份包括：土茯苓、苦参、白藓皮、僵蚕、全虫、蜈蚣、白花蛇等中草药，采用大剂量、大浓度，每次洗、泡二十分钟以上。采取手足局部整体浸泡的方法进行治疗(一般需浸泡整个甲板)，以达到使药物强力渗透至甲板深部及皮肤角质层，彻底杀灭寄生在甲板角质内以及周围皮肤角质层内所有的真菌，使灰指(趾)甲得到整体治疗而根治，杜绝复发的产生。患有灰指甲的患者在用药十五天到二十天可在指根部长出新甲，持续用药待新甲全部长出，病甲全部剪掉，病患消除得到根治， 治疗程中不会产生任何副作用。
治疗灰指甲偏方
食醋方
材料：白醋、塑料手套
做法：将白醋倒到塑料手套里，然后把患灰指甲的手套进手套里，用橡皮筋把套口扎起来。
用法：每天这样浸泡3-5个小时，3天后患手的症状就会有所改变，1-2个月灰指甲就可以治愈。
大蒜糯米方
材料：大蒜、糯米饭一些
做法：将大蒜和糯米饭搅拌、捣烂
用法：涂在患手的指甲上，24小时更换1次。
烟丝醋方
材料：醋60毫升，香烟2支
做法：在香烟中去除烟丝，放醋里浸泡2天
用法：把患手放进醋液里浸泡，每次10分钟，每天浸泡2次
花椒蒜醋
材料：花椒20克，醋500毫升，大蒜100克
做法：大蒜剥皮后捣碎，然后同花椒一起放入醋瓶子里，浸泡3-4天。
用法：先用热水泡脚10分钟以上，将病甲表层轻轻刮除后把患手放到醋里浸泡15分钟，然后用棉花蘸些花椒蒜醋来包裹指甲，1个月为1个疗程
艾灸方
材料：艾条
方法：先用刀片把病甲表层刮除，然后点燃艾条，用艾条在患部熏灸，每次灸15-20分钟，每天灸3-4次，注意调节艾火与患部的距离，避免烫伤，一般连续用15-20天可以治疗好
碘酒涂擦
碘酒涂擦或浸泡患趾，每日4~6次，每次15~20分钟，利用碘酒的消毒作用将病变的皮肤组织给腐蚀掉，让它重新生长，以预防甲沟炎。
药酒浸泡
1、鸦胆子20(克)打碎，生百部30(克)，白酒，醋各半斤。用量为1只患手用量。
2、把所有物品共放入大口瓶内，密闭，浸泡10天后备用。
3、用时把患手插入瓶中浸泡(浸泡过程中要尽量减少液体挥发)，每次浸泡30～60分钟，每日浸泡2～3次，约11～12天液体泡完就愈。杀虫去腐。
