平时清洁水瓶最简易直接的方法是用暖水，再加洗洁精。
1、加几滴洗洁精和暖水
2、盖上瓶盖
3、摇动水瓶约1分钟，直至肥皂水流经整个水瓶。配合软毛牙刷或刷子刷洗，以去除污渍。留意不要过分用力拭擦，以免樽身受损。
4、风干。不要放在潮湿的环境以免滋生细菌，因此清洗后要保持干燥。不要用抹手布拭干，布上可能会有细菌滋生，污染水瓶，若要拭干，可以用纸巾代替。
家中其中一种常见的材料是苏打粉，苏打粉加热水也可以达到杀菌的效果。若有茶渍或咖啡渍时，也可以用苏打粉除污。
1、加入数茶匙苏打粉，再加入热水
2、大力摇水瓶
3、待15分钟
4、用热水冲洗，用软毛刷子刷去污溃
5、风干
若想提高消毒的效果，可以用醋，醋本身天然也无毒，它的酸性可以杀死某些细菌，但注意它不能杀死流感病毒。另外，醋也可去除异味。
1、以洗洁精和热水清洗水瓶
2、把白醋倒入水瓶中，约为水瓶容量的5分之1，再注入热水至瓶满。
3、待10-15分钟，若想加强效果，可以待过夜后再清洗。
4、用热水彻底冲洗直至没有气味，难以清洗的位置可以用上刷子。
5、风干。
如水樽内有异味或黏黏的，可以用低浓度双氧水如3%(过氧化氢，英：Hydrogen peroxide)以达到杀菌消毒的效果。
1、用水和洗洁精清洗
2、用热水冲洗
3、注入4分之1杯双氧水到瓶中
4、盖上瓶盖，用力摇水瓶
5、倒出双氧水，以清水冲洗。
6、风干。
1、把苏打粉或醋加入1碗热水中
2、把盖浸入溶液中待2-3小时
3、用热水和洗洁精冲洗，利用细长毛刷清洁难以清洗的部分
4、待风干
注意铝和不銹钢製的水瓶不可过份用力刷，以免表面涂层被磨蚀。
