桂附地黄丸由肉桂、制附子、熟地黄、山茱萸(制)、牡丹皮、山药、茯苓、泽泻八味药组成，惟肉桂、制附子用量减半(与仲景肾气丸方相近)。肉桂、制附子两味药在方中用量较小，意在补命门之火，即生肾气。
金匮肾气丸由地黄、山药、山茱萸(酒炙)、茯苓、牡丹皮、泽泻、桂枝、附子(炙)、牛膝(去头)、车前子(盐炙)十味药组成，且加大肉桂及制附子的用量。与八味药组成的古方“金匮肾气丸”处方组成已大不相同，与古方“济生肾气丸”较接近些。
从成份上看金匮肾气丸与桂附地黄丸相比多了牛膝、车前子这两味中药材。
桂附地黄丸”中有肉桂，肉桂为肉桂树近根之树皮，辛甘大热，性能下达。甘热可益火消阴、温里祛寒，味辛善行血中之滞，性能下行又能入下焦而补肾阳、引火归元。所以，该方重在“益火之源，以消阴翳”(唐·王冰)，温补命门之火的作用较强;对于命门火衰的虚火上浮，肾不纳气而喘急欲脱，以及下焦虚寒甚所致之腰重足肿、下半身冷重、小便不利或反多，消渴等证候更为适宜。
金匮肾气丸是在古方“肾气丸”的基础上加牛膝、车前子共十位药而成，实际上是南宋医家严用和《严氏济生方》中的“加味肾气丸”，即“济生肾气丸”，主治因肾阳虚而气化不行、不能运化水湿之证。加牛膝、车前子主在通利小便，车前子可行气分之水，牛膝可行血分之水、又补肾而开少阴之窍;两者相伍，既可利水消肿，又无损于真元之气。故该药主治侧重于肾阳不足、气化不行的小便不利，腰重脚肿，或全身水肿等证侯。该方对于心力衰竭、肾病等属于肾阳虚衰所致的水肿有较好的治疗作用。
由上可知桂附地黄丸更侧重与补命门之火，而金匮肾气丸更侧重于肾阳虚衰。
一般中成药所谓的金匮肾气丸是在桂附地黄丸基础上加入牛膝、车前子等药物。这样其作用从补肾阳就变成了还有温阳利水的作用。因此，建议在医师指导下用药。如果是单纯肾阳虚，建议用桂附地黄丸，合并气虚则用金匮肾气丸。
