主要的症状有寒战、发热、乏力、头痛、周身不适，刺激性干咳，有粘痰、脓痰，甚至血痰。
也可有恶心、食欲不振，呕吐，腹泻及关节痛、心肌炎、心包炎、肝炎、周围神经炎、脑膜炎、皮肤斑丘疹等肺外表现。
大龄儿在整个病程中肺部常无任何阳性体征。少数患者仅在一周末时出现肺部体征，主要为肺部可闻哮鸣音及干湿啰音、胸膜摩擦音。晚期部分患者皮肤可出现斑丘疹、多形性红斑、结节性红斑。
患儿感染支原体肺炎后，常常有发热，即高、中度发热、低热，热程1-3周，刺激性咳嗽为突出表现，酷似百日咳，带有粘稠痰;婴幼儿发病急，病程长，病情较重，以呼吸困难、喘憋较突出。
可有颈部淋巴结肿大，皮疹;胸部体征多不明显，肺部听诊可有细湿罗音，偶有胸膜磨擦音及胸水征。
部分出现全身多个系统的表现，心肌炎时出现胸闷、心跳、心慌、气促、发热，有的常常自觉气短、叹息;肝炎时出现胃口差、呕吐、腹部不适;脑膜炎时可出现神志变化、呕吐、头痛、抽搐等，也有出现各种皮疹。
