牙龈萎缩治疗需要依造成的原因来决定处理方式，现阶段方式计有：
牙周病治疗
如果牙周病的病源仍存在，第一步要处理的问题就是先控制牙周病，避免牙龈继续受到破坏。牙周病治疗又分为『牙龈下结石刮除与牙根整平术』，或是『牙周翻瓣手术』。这两种术式都是使用特殊的牙周刮刀，将牙龈下牙菌斑及牙结石使用机械性的力量移除，搭配『牙周水雷射』的使用，可以让牙周治疗的效果更好，且术后的痠痛与不适感可以大幅减少。
移除不密合的假牙
不密合的假牙可能压迫牙龈，或是造成假牙周围牙菌斑的堆积。如果有不密合的假牙要儘快移除，避免假牙造成更进一步的牙周问题。
传统牙肉移植手术
视牙龈缺损的型态与需要的牙肉量，牙肉移植的方式也有不同，最常见的牙肉移植有两种：角化牙龈(FGG)或结缔组织(CTG)。
显微牙肉移植手术
显微牙肉移植手术是一种微创的牙科手术方式，医师在高倍率显微镜下使用极细緻的特殊器械来进行手术，由于伤口非常微小，因此可降低术后不适，而且通常在几天之内便可以恢復正常饮食。这类牙龈萎缩手术费用约在 2 万~ 4 万元之间(以颗数或一区来计算)。
1、牙槽骨萎缩，这属于正常的生理性牙龈萎缩，一般发生在60岁后。
2、镶牙不当，当烤瓷牙、全瓷牙设计不当时，会伤害到牙龈，刺激导致萎缩。
2、炎性口腔病，比如牙周炎、牙结石、口腔溃疡、牙龈炎等，都会刺激牙龈导致萎缩。
3、刷牙不正确，包括刷牙方式不正确和牙膏选择不正确，刚开始没有明显癥状，但会刺激到牙龈。
1、正确的刷牙方式
正确刷牙方式像是『贝氏刷牙法』的使用，牙刷尖缘 45 度角对着牙龈沟来回小范围的移动，并避免使用过硬的刷毛与施加过大的压力在牙龈上，此外，刷牙的时间也勿太久。一般来说，一天的刷牙次数在 2 ～ 3 次即可，每次进食后便立刻刷牙并没有特别的效益。
2、良好的口腔卫生
除了正确的刷牙方式，牙线的使用也是非常重要，每天至少使用一次牙线，可以有效避免牙缝与牙肉下，牙菌斑形成以及牙周问题的发生。另外，含氟漱口水也是有效降低蛀牙率与减少牙龈发炎的方式。
3、预防磨牙
磨牙是二十一世纪的新兴牙科文明病，不良的咬合、压力与睡眠唿吸中止症都与这个问题息息相关。『数位止鼾器』是有效预防磨牙和治疗睡眠唿吸中止症的方式，建议找具有睡眠唿吸方面的牙科专家，来处理这些复杂的牙科相关问题。
