奶茶就算再受到各种年龄层消费者的喜爱，还是被视为极不健康的饮料，因为奶茶具有高糖、高脂与高咖啡因的三高特色，这三高都会对人体健康造成直接的危害。
高糖
以成人每日摄取热量2000大卡计算，添加糖所提供的热量不得超过200大卡，换算约是50克的糖，也就是以不超过9颗方糖为基准，然而市面上贩售的各式奶茶，即使标示微糖的，含糖量大概都有10颗以上，换句话，只要随便喝上一杯奶茶，一天的摄糖量就超标了。
高脂
除了含糖量高之外，奶茶中的脂肪含量也偏高，平均每100cc的脂肪含量达6.3克，一杯700cc的奶茶就含有42克以上的脂肪。对于平均一天要摄入2000大卡热量的健康成年人来说，营养师建议一天的脂肪摄入量不要超过66克，而光是喝下一杯奶茶的脂肪摄取量已接近警戒值的2/3。如果大量饮用奶茶超过3个月，不仅血脂可能会升高，而且脂肪堆积在腹部，非常容易让人发胖。
奶茶还有另一项让人忧虑的反式脂肪潜存问题，营养师建议人体每天反式脂肪酸的摄入量应不超过2克，有研究显示，每天只要摄取4到5克的反式脂肪，就会增加血液中的坏胆固醇，还会增加三酸甘油酯，造成血管阻塞和发炎，提高罹患心血管疾病和糖尿病的风险23%。 而市面上贩售的奶茶多数都是使用奶精，其中就含有反式脂肪，因此很多奶茶的反式脂肪含量都会超标，有些甚至高达6.2克，远远超过一天2克的标准。
高咖啡因
香港食品安全中心曾经公布台式奶茶咖啡因抽验结果，结果一堆台湾连锁饮料业者，每杯平均400cc手摇杯奶茶的咖啡因含量都在110到160毫克，比星巴克、麦当劳的泡沫咖啡含量还高。而上海也曾经做过一项类似的调查，结果发现一杯奶茶中咖啡因的平均含量达270毫克，含量最高的竟达到428毫克，等于4杯咖啡的咖啡因量。
咖啡因是一种中枢神经兴奋剂，能暂时的驱走睡意并恢复精力，所以每天适度摄入咖啡因可以达到提神的作用，但如果在短时间内摄入过量，则会引起身体的不良反应，例如出现神经过敏、易怒、焦虑、心悸、失眠等症状。此外，长时间摄入过量咖啡因，也容易造成骨质流失，可能会增加患骨质疏松的风险。
