黄连上清丸处方来源于明代医家龚廷贤《万病回春》中的“洗肝明目散”，经加减化裁而立方。牛黄上清丸处方则来源于明代著名医家李梴所编撰的《医学入门》，在原方的基础上，加减化裁而成。
从成份来看，黄连上清丸是由黄连、栀子(姜制)、连翘、蔓荆子(炒)、防风、荆芥穗、白芷、黄芩、菊花、薄荷、酒大黄、黄柏(酒炒)、桔梗、川芎、石膏、旋覆花、甘草组成。牛黄上清丸的主要成分则为牛黄、薄荷、菊花、荆芥穗、白芷、川芎、栀子、黄连、黄柏、黄芩、大黄、连翘、赤芍、当归、地黄、桔梗、甘草、石膏、冰片。
黄连上清丸能清热散风，适宜风热侵犯上中焦所致的头晕耳鸣、暴发火眼，口舌糜烂、齿龈生疮等中上焦热盛诸症。而牛黄上清丸使用于上中焦热炽火，津液未伤所见诸症。特别是伴有大便燥结者更为适宜，对于风热同犯上焦所致的头晕、头疼、目赤等症有较好的作用。对于急性咽炎、急性扁桃体炎和急性齿龈炎尤其适宜。
